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Qu'est ce que le Covid-19 (Intro)

Qu'est ce qu'un Virus

Etymologie

Le mot "Virus" est un mot venant du latin et qui signifie : poison, toxine

Histoire

Au 19e siècle, une maladie touche les feuilles de tabac : la mosaïque du tabac
En 1892, Dimitri Iwanowski (un biologiste russe) tente de filtrer, de cette maladie, la sève de feuille de tabac au moyen de la bougie de Chamberland. Les bactéries sont filtrés, mais un micro-organisme ( un agent infectieux) ne l'est pas.
Il fera l'hypothèse que ce micro-organisme était une toute petite bacterie, ou une toxine.

Plus tard vers les années 1930, avec l'arrivé de microscope électronique, les virus pourront enfin isolés (rougeole, la rubéole, la varicelle, et plus tard le sida).

Maladie de la Mosaïque du Tabac Bougie de Chamberland pour le filtrage</span>

Définition

En 1953, André LWOFF énonce les trois caractères fondamentaux d'un virus :

  • le virus ne contient qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome viral.
  • le virus se reproduit à partir de leur matériel génétique et par réplication.
  • le virus est doué de parasitisme intracellulaire absolu.

« Agent responsable d'une maladie infectieuse, parasite, de nature particulaire et de taille comprise entre 0,01 et 0,3 micromètre "

"Ils ne peuvent se reproduire qu’au sein de cellules vivantes, ne possédant aucun système d’énergie, ils détournent la machinerie cellulaire à leur profit pour se répliquer et assurer leur pérennité."
"Ils constituent en quelque sorte des structures extrêmement simples dont l’ensemble des éléments protège quelques petits bouts de code génétique ayant pour objectifs de s’infiltrer dans une cellule pour la parasiter, puis la détruire."

"En définitive, à l’aide de quelques gènes, les virus peuvent altérer et modifier les programmes de fonctions intracellulaires à leur profit, avec pour objectif final de transformer l’organisme infecté en agent contaminant, capable de propager l’infection et d’assurer la survie du virus."

(http://www.microbes-edu.org/etudiant/virus.html)

Structure

Les virus sont des organismes composés d'une enveloppe de protéines laquelle renferme de l'ADN ou de l'ARN , ils n'ont pas de métabolisme et ne peuvent pas se reproduire. Ils doivent pour cela pénétrer nos cellules, en prendre le contrôle et en détourner le métabolisme à leur profit. C'est ainsi que les virus se répliquent et disséminent dans tout notre corps. Pour passer d'une personne à l'autre, les virus empruntent différentes voies. Certains virus utilisent la voie respiratoire, d'autres la voie digestive, transcutanée ou encore sexuelle. Les virus peuvent infecter tous les organismes, humains, animaux, végétaux. Ils peuvent aussi infecter les bactéries.

Propagation du virus dans le corps

Un humain infecté parle à un autre humain, lorsqu'il va parler des goutelettes de salives vont arrivé sur l'autre humail

Un fois dans le corps, le virus va tenter de rentrer dans un cellule à l'aide de ses spicules quie se lie à la membrane de celle ci

Une fois dans la cellule le génome du virus s'insère dans l'adn de la cellule.

Ensuite ce génome est lu par la cellule et est repliqué, ce qui fabrique d'autre virus qui vont ensuite sortir de la cellule pour en infecter d'autres.

La cellule infecté va ensuite fabriquer d'autres virus jusqu'à sa mort

Résumé en une image

Combattre les virus

Pour combattre les virus, il existe plusieurs possibilités. On peut limiter la transmission en réduisant les contacts ou donner des médicaments qui tentent de bloquer l'entrée du virus dans les cellules ou sa multiplication. Le Vaccin

son étude, sur 20 pers moyen -> compationnelle

Qu'est ce qu'un Coronavirus (WIP)

Les Coronavirus (CoV) forment une immense famille de virus possédant un génome à ARN extrêmement long (plusieurs milliers de nucléotides ). Ils sont entourés d’une capsule de protéines en forme de couronne qui leur vaut leur nom.

Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)

Le SRAS-CoV est le premier coronavirus qui a entrainé une maladie grave chez l’Homme. Il a sévi sous forme épidémique entre novembre 2002 et juillet 2003. Plus de 8 000 cas ont été recensés dans 30 pays (dont près de 20% chez des soignants) et 774 personnes sont décédées (soit près de 10% de mortalité).

L’épidémie est partie de quelques cas dans la province du Guangdong, en Chine du Sud-Est, suite à la consommation de viande de civette infectée.

Le MERS

Les Epidemies, Endémies et Pandemies à travers l'histoire

Qu'est ce qu'une epidémie

Une épidémie correspond à l'apparition intermittente, mais rapide, d'une maladie infectieuse et contagieuse.
Elle touche un groupe de population de façon plus ou moins importante, dans une région donnée.
Ex : grippe hivernale, ebola

Qu'est ce qu'une endémie

Au contraire de l'épidémie qui apparaît de manière saisonnière, par pics, l'endémie persiste dans une même région de manière habituelle.
Ex : paludisme, fièvre jaune

Qu'est ce qu'une pandemie

Comme pour l'épidémie, la pandémie apparaît brutalement et en plus, elle sévit à l'échelle d'une zone géographique très étendue, à l'occasion de l'émergence d'un nouveau virus.

Source

Timeline

Épidemiologie

Zoonoses

Les zoonoses sont des maladies ou infections qui se transmettent des animaux vertébrés à l'homme, et vice versa. Les pathogènes en cause peuvent être des bactéries, des virus ou des parasites. La transmission de ces maladies se fait soit directement, lors d'un contact entre un animal et un être humain, soit indirectement par voie alimentaire ou par l’intermédiaire d'un vecteur (insecte, arachnides…). D'après l'Organisation mondiale de la santé animale, 60% des maladies infectieuses humaines sont zoonotiques.

Maladie virale, bactérienne ou parasitaire animale, capable d'infecter l'Homme suite à une mutation.

Le Réservoir, L'Hôte Intermédiaire et l'Homme

le COVID-19

Les facteurs de risques

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Explication des termes (Intro)

Distinction entre : "Cas", "Cas Confirmé", "Cas Suspect", "Cas Probable", "Cas Contact", "Gueri", "Décès", "Hospitalisé", "Reanimation"

Basée sur l'oms, et santé public france

Cas :
C'est une personne qui est infecté par le covid-19

Cas Suspect/Possible :
A. Un patient souffrant d'une maladie respiratoire aiguë (fièvre et au moins un signe/symptôme de maladie respiratoire, par exemple, toux, essoufflement), ET des antécédents de voyage ou de résidence dans un lieu déclarant une transmission communautaire de la maladie COVID-19 au cours des 14 jours précédant l'apparition des symptômes ;
OU
B. Un patient souffrant d'une quelconque maladie respiratoire aiguë ET ayant été en contact avec un cas confirmé ou probable de COVID-19 (voir définition du contact) au cours des 14 derniers jours précédant l'apparition des symptômes ;
OU
C. Un patient atteint d'une maladie respiratoire aiguë grave (fièvre et au moins un signe/symptôme de maladie respiratoire, par exemple, toux, essoufflement ; ET nécessitant une hospitalisation) ET en l'absence d'un autre diagnostic qui explique pleinement la présentation clinique.
OU
D. Toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë et des signes visibles en tomo-densitométrie thoracique évocateurs de COVID-19.

Cas Probable :
A. Un cas suspect pour lequel le test de dépistage du virus COVID-19 n'est pas concluant. OR
B. Un cas suspect pour lequel les tests n'ont pas pu être effectués pour une raison quelconque.

Cas Confirmé :
Une personne dont le laboratoire a confirmé l'infection par COVID-19, quels que soient les signes et symptômes cliniques.

Cas Contact : Santé publique France a identifié 3 niveaux d’exposition des personnes contacts d’un cas probable ou confirmé de COVID-19 :
Personne contact à risque modéré/élevé :personne ayant partagé le même lieu de vie que le cas confirmé ou probable, par exemple : famille, même chambre ou ayant eu un contact direct, en face à face, à moins d’1 mètre du cas confirmé ou probable lors d’une discussion ; flirt ; amis intimes ; voisins de classe ou de bureau; voisins du cas index dans un avion ou un train, en l’absence de mesures de protection efficaces,
Personne contact à risque faible: personne ayant eu un contact ponctuel étroit (<1 mètre) et/ou prolongé (>15 minutes) avec un cas confirmé ou probable à l’occasion de la fréquentation des lieux publics ou contact dans la sphère privée ne correspondant pas aux critères de risque modéré/élevé,
Personne contact à risque négligeable: personne ayant eu un contact ponctuel avec un cas confirmé ou probable à l’occasion de la fréquentation de lieux publics, sauf circonstances particulières qui peuvent justifier un classement en risque faible

OMS: Un contact est une personne qui a subi l'une des expositions suivantes pendant les 2 jours précédant et les 14 jours suivant l'apparition des symptômes d'un cas probable ou confirmé :
1.Face-to-face contact with a probable or confirmed case within 1 meter and for more than 15 minutes;
2.Direct physical contact with a probable or confirmed case;
3.Direct care for a patient with probable or confirmed COVID-19 disease without using proper personal protective equipment;2OR4.Other situations as indicated by local risk assessments.

Gueri :
Personne ayant le covid-19 sortie de l'hôpital

Déces :
/!\ Ils ne sont pas comptabilisé de façon homogène dans tout les pays

Hospitalisé : REA + COVID-Etage
Patient a surveiller, petit pb respiratoire ( pas ss respirateur, mais on donne de l'oxygene peut etre ) /!\ A l'Hopital ?

Réanimation :
/!\ En réanimation et soins intensif et surveillance continue

Distinction entre cas réel et cas testé (WIP)

"Soins critiques" distinction entre : "Unité de soins intensif", "Unités de réanimation", "SURVEILLANCE CONTINUE"

"Ces trois expressions désignent des soins destinés à prévenir les défaillances organiques potentielles et à traiter les défaillances avérées."

La réanimation (soins critique) est organisée en trois paliers :

  • Unité de Soins (Surveillance) Continus (USC),
  • Unité de Soins Intensifs (USI),
  • Service de réanimation (réa)

Unité de Soins intensif (USI) :
Structure médiane entre le service de réanimation et l’unité de soins continus (USC).
Elle prend en charge une défaillance unique sur une durée limitée
L'intermédiaire entre la réanimation et les services de soins généraux hospitaliers.

Unité de Soins (Surveillance) Continus (USC) :
Elle prend en charge les patients dont l'état, au sortir d'une ou plusieurs défaillances vitales est trop sévère ou instable pour permettre un retour dans une unité d'hospitalisation classique

Service de réanimation (réa) :
Il prend en charge des défaillances multiples sur une durée prolongée.

respirateur -> coma artifiel, inconscient , remplacer sa fonction pulmonaire
Réorganisation: Rea covid et Rea non-covid ( Covid - (pas de covid), Covid +(covid))

La propagation de l'épidémie Covid-19 en pandemie (Intro)

Timeline qui va être expliqué dans cette section

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Les barres oranges représentes les cas diagnostiqué, et les grises les cas réels.

Hubei

Le Marché de Huanan à Wuhan

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Le marché de Huanan est un marché de fruits de mer et d'autres animaux vivants.
Le marché, situé à quelques pâtés de maisons de la gare de Hankou, 3e gare ferroviaire la plus importante de Wuhan (+10 000), occupe plus de 50 000 m2 et abrite plus de 1 000 commerçants. C'est le plus grand marché de gros de fruits de mer à Wuhan et en Chine centrale

On y vend notamment:

  • des mammifères (porc, chameau, mouton, cerf, kangourou, lapin, castor, rat, porc-épic, marmotte, blaireau, loutre, civette*, chien, renard, louveteaux, hérisson)
  • des oiseaux (volaille, autruche, paon, faisan)
  • des reptiles (crocodile, tortue, divers serpents y compris bungarus multicinctus)
  • des amphibiens (grenouilles, salamandre géante), des arthropodes (cigale, scorpion, scolopendre)

*J'ai mis la civette en gras pour rappeller que la sars-cov 1 avait eu comme hôte intermédiaire la civette.

Pendant le mois de Novembre-Décembre, plusieurs cas de pneumonies inabituels ont survenues qui ne réagissait pas aux traitements habituel. Les patients avaient comme point commun le marché de Huanan, ce qui a conduit a sa fermeture le 1er janvier.
Au même moment une alerte a été OMS notifié par le gouvernement chinois (“The disease is preventable and controllable...”).

D'apres le graphique, le nombre de cas réel était au 1er janvier de ~100.

On a découvert ensuite, que l'un des premiers patient en chine présentant le coronavirus, est arrivé le 17 Novembre.
En simulant l'épidémie, on arrive aussi à ~250 cas au 1er janvier. (donc 44 jours plus tard) (R0=2.5)

En ordre de grandeur des centaines.

La découverte du 2019-nCoV et du Covid19 (Sars-cov-2)

Le 9 janvier 2020, les autorités sanitaires chinoises et l’Organisation mondiale de la santé (OMS) annoncent la découverte d’un nouveau coronavirus, appelé 2019-nCoV, et présenté comme l’agent responsable de ces pneumonies.

Les autorités chinoises partagent, dès le week-end du 11-12 janvier, la séquence complète du génome du coronavirus qu’ils ont détecté dans des échantillons prélevés sur leurs premiers patients.

Le confinement du Wuhan puis de Hubei

C'est le 23 Janvier que Wuhan est confiné et le 24 que 15 autres ville du hubein qui le sont.
Le 24 les cas diagnostiqués sont au nombre de ~600, alors qu'en réalité, il y a ~10 000.

En simulant on arrive au 24 Janvier (67 jours après le 1er cas) : ~10 000. (avec un R0 de 2.5)

Cas de coronavarirus dans le pays au 24 Janvier.

On voit qu'il y a beaucoup de cas à Wuhan et plus généralement dans le Hubei, et quelque cas à Beijing, Shenzen, Shanghai.

En ordre de grandeur des dizaines de milliers

La Propagation dans le pays

Au 4 février d'aprés les cas diagnostiqué, il y avait ~20 000 cas alors qu'en cas réel il y avait ~40 000 cas

En simulant: ~40 000 cas aussi (+ 80 jours) (R0=2.5)

La progagation dans le monde (WIP)

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